O Observatório desenvolve a sua atividade na dependência administrativa da Comissão de Coordenação e Desenvolvimento Regional, IP e funcional da Autoridade de Gestão do Programa Regional Alentejo 2030.

A CCDR será responsável pela coordenação do Observatório e à Autoridade de Gestão do Programa Regional Alentejo 2030, através da Unidade de Coordenação e Valorização Territorial, será responsável pelo apoio técnico ao Observatório.

O Observatório é composto por um Conselho Permanente, com funções de coordenação e definição de políticas de atuação, um Conselho Geral, com funções de orientação geral e aconselhamento e uma Unidade Técnica.